墓石そのものが位牌と同じ意味を持ちます。お墓の中に位牌を入れることは重複になりますのでしません。
お寺さんや納骨堂の管理人さんにご相談下さい。お性根抜き（魂抜き）のご供養の上、お焚き上げしてくださるでしょう。

追記
申し訳ありません、状況を読み抜いていませんでした。
もしご自宅でお仏壇があり、お仏壇のお位牌があった上で、納骨堂のお参り用のお位牌がたくさんあるということでしたら納骨堂のお位牌はお焚き上げになるでしょう。
しかしもしご自宅のお仏壇が無い場合は、もっとお話しを伺ってからでなければ何とも言えません。ねこ様のお寺さんとご相談下さい。